自2001年教育部首批批準13所院校開設電子商務專業，至今全國已有327所高校開設了電子商務本科專業，從總體上看，各高校電子商務專業逐漸形成了以商務運作管理為主和以信息技術為主的電子商務人才培養模式，對專業培養目標、人才培養方式、課程體系設置等都處在摸索的階段。

      培養目標的定位缺乏準確性。電子商務是一個既寬又廣的專業，必須有明確的培養方向和清晰的定位。如果不能清晰地界定所培養人才未來的就業方向，那么專業建設就會缺乏針對性，找不到著力點，在專業基礎課和專業課選擇上缺乏足夠的依據，從而使教學計劃的制訂缺乏目的性、完整性和系統性，培養出來的人才沒有適應性，缺乏競爭力。

     課程體系的設置缺乏科學性。電子商務是一門跨學科的專業，主要涉及管理學、信息科學與技術、經濟學、貿易學、法學等。目前電子商務專業課程設置的問題主要表現在兩個方面：

     一是技術類和門商務類方面的課程內容缺乏有機的整合，導致學生等知識構成上不系統、專業上不精通;

     二是強于書本而等弱于實務，缺乏必要的案例教學和實務操作能力的培養師資的配備缺乏專業性。目前電子商務專業的教師，都是從計算機、網絡等技術型專業或者經濟管理、企業管理、市場營銷等經濟管理類專業轉行過來的，其知識儲備大多來自于電子商務教材，不夠系統、深入和實用，還處在探索和學習階段。由于大部分師資沒有電子商務實戰的經驗，而且教師本身很少參與商業企業的實際運作管理，使得案例來源、案例討論、創業指導、實習指導都受到了很大的限制，因此在從事電子商務教學時顯得力不從心，直接影響到電子商務人才的培養質量。

     山東水利技師學院通過實踐教學的設置缺乏針對性。電子商務是一門實踐性、應用性和動手能力很強的專業，雖然建立了商務實驗室，安裝了電子商務模擬軟件，但模擬系統脫離了實際商業環境，甚至已經落后于現有的應用，而商務行為本身又是復雜多變的，如果將所有的商業行為都固化，事實上與書本教育并沒有本質的區別，這種模擬練習不能真正培養學生的實際應用能力。